Инициализация WM Keeper, это вариант входа в программу, когда игнорируются ранее запомненные пути к файлам и учетным записям. Данная опция существует начиная с версии 3.0.0.0. Необходимость в инициализации может возникнуть при повреждении служебных файлов программы, которые хранятся на компьютере в учётной записи каждого пользователя работающего на данном ПК. Для инициализации WM Keeper необходимо обладать резервной копией файла ключей и знать код доступа к данному файлу. Код доступа задаётся пользователем при создании резервной копии файла ключей.

Процесс инициализации состоит из нескольких этапов:

1. Запуск Мастера инициализации

2. Необходимо указать местонахождение файла ключей и указать код доступа к файлу ключей.